En noviembre de 1998, luego de haber sufrido un incendio en un depósito de vestuario, la IMM decide cerrar el Teatro por el alto riesgo de supervivencia debido al estado sus instalaciones en general. Mediante un convenio con la Facultad de Ingeniería se realiza un diagnóstico de las instalaciones y estructuras físicas del edificio y se elabora un anteproyecto por los arquitectos Di Pólito, Magnone, Singer y Vanini. Seguidamente se forma un equipo encargado del proyecto de recuperación del Teatro integrado por profesionales y técnicos nacionales dirigido por los arquitectos Alvaro Farina y Carlos Pascual con la asesoría de especialistas europeos en areas de Restauro, Acústica, Mecánica Escénica, Estructura y Gestión Teatral. Así comienzan los trabajos de relevamiento integral mediante investigación histórica edilicia, cateos y ensayos para conocer el estado real del edificio detectando sectores de alto riesgo y en estado de precolapso.
Finalmente el proceso de restauración y reforma edilicia fue continuado en su conducción por la Arq. Eneida De León hasta su culminación con la re-inauguración de la obra del cañón central, el 25 de agosto de 2004.